Die Parteien treffen sich nicht gleichzeitig mit dem Mediator am selben Ort,sondern der Mediator pendelt zwischen den Konfliktparteien führt mit den Konfliktparteien vertrauliche Einzelgespräche. Die Shuttle-Mediation ist dadurch auch bei hochstrittigen Parteien einsetzbar.
In der Regel nimmt der Shuttlemediator zunächst mit einer Partei Kontakt auf und erläutert die wesentlichen Informationen des Mediationsverfahrens, wie Allparteilichkeit, Freiwilligkeit, Vertraulichkeit und Neutralität. Im Anschluss lässt sich der Mediator über die Hintergründe des Konfliktes eines jeden Medianten informieren.
Diese über den Mediator geführte wechselseitige Kommunikation, wiederholt der Mediator so lange, bis im Rahmen der Shuttlemediation eine einvernehmliche und selbstbestimmte Konfliktlösung gefunden wird.
Im Verlauf der Gespräche kann der Mediator sämtliche Methoden der Mediation einsetzen, wozu beispielsweise aktives Zuhören, das Spiegeln, das Zusammenfassen oder auch das Verbalisieren gehört. Im Unterschied zur Mediation in Anwesenheit aller Parteien erfolgt dies naturgemäß bei der Shuttlemediation abwechselnd im Rahmen der jeweiligen Einzelgespräche mit dem Mediator.